En el Raspi3 (con una tarjeta SD) tienes que decirle al Raspbpi3 que arranque en la unidad USB:

_usb _boot _mode=1 | sudo tee -a /boot/config.txt
reinicio de sudo

Para verificar que esto ha funcionado, escriba:

sudo vcgencmd otp _dump | grep 17:

La respuesta debe ser:

17:3020000a

Se desconectarán limpiamente los siguientes elementos:

parada del sudo

Desenchufe el alim, retire el SD y vuelva a enchufar el alim.

Fuente